U schyłku życia
We Francji dogasał blask XVII w. nazwanego w historii kościoła francuskiego „wielkim”. Istotnie był to okres niezwykle bogaty i płodny na polu wielkich syntez teologii i duchowości. Matka Mechtylda tkwiła głęboko w nurcie swojej epoki. Przeżyła jej rozkwit i przeżywała jej zmierzch. Ostatnie lata jej życia przypadają na czasy, kiedy coraz szerzej rozlewały się i zwalczały wzajemnie dwa prądy: jansenizm i kwietyzm. Każdy z tych kierunków wychodził z założeń zasadniczo słusznych, ale zbaczał, nieraz w jaskrawy sposób, poza granice prawowierności. Reakcją ze strony Kościoła była daleko posunięta ostrożność. U wielu hierarchów i teologów przechodziła ona często w przesadną podejrzliwość – w przysłowiowe „dmuchanie na zimne”, w wiele rozpraw polemicznych i obficie sypiących się potępień doktryn uważanych do niedawna za nie budzące żadnych wątpliwości. Na indeks dostało się mnóstwo dzieł – i arcydzieł – religijnych XVI i XVII w. Tak więc widziała m. Mechtylda wzrastającą nieufność i niechęć do nauki i dzieł najbliższych jej sercu ludzi – przyjaciół i kierowników duchowych.
Ona sama również zaznała wrogości wpływowego Bossueta (biskupa Meaux, słynnego kaznodziei), docierającej aż do Rzymu, by przeszkodzić wszelkiej próbie zatwierdzenia ostatecznej wersji konstytucji i kierującej na Matkę całkowicie bezpodstawne podejrzenie o kwietyzm. Osobowość m. Mechtyldy zjednywała jej licznych przyjaciół, ale również przysparzała wrogów. Przyjmowała jednych i drugich z tym samym pogodnym spokojem i życzliwością, zdana całkowicie na Boga, nie omieszkując wszakże uczynić wszystkiego dla przywrócenia prawdy i sprawiedliwości.
Do trudnych doświadczeń tych lat zaliczyć też trzeba kilka procesów sądowych, wśród nich jeden szczególnie bolesny – proces z rodziną jednej z jej mniszek, oraz problemy finansowe klasztorów, wzmożone jeszcze zniszczeniem domów w Dreux przez grad i w Nancy przez pożar.
Ciężką próbą były także ciągłe konflikty o jurysdykcję między biskupami, którzy nie chcieli tak łatwo zrzec się władzy nad istniejącymi w ich diecezjach klasztorami Instytutu, a przełożonymi regularnymi kongregacji. Widząc, że taka sytuacja powoduje wiele trudności, a nawet zagraża istnieniu klasztorów, m. Mechtylda poprosiła papieża Innocentego XII o anulowanie bulli erygującej kongregację benedyktynek od nieustającej adoracji. Nowa bulla z 3 lipca 1696 r. poddaje znów klasztory pod jurysdykcję miejscowego biskupa – stają się one niezależne, choć zawsze zjednoczone przez wspólne konstytucje oraz więzy miłości i wzajemnej siostrzanej pomocy.